« Les grands herbiers qui se développent en bordure des lacs alpins, ici le lac d'Annecy, offrent abris et nourriture à toute la faune du lac. Leur présence et leur maintien sont donc indispensables à toute vie aquatique. »
Flottante ou immergée, la flore du lac d’Annecy se compose d'une trentaine d'espèces, recensée selon la captation et la diffusion de la lumière en profondeur. Les algues d'eau douce sont présentes jusqu'à 20 m de profondeur. En réduisant les effets mécaniques des mouvements d'eau, ces masses de végétaux aquatiques, peuvent ralentir les phénomènes d'érosions des berges.
Les herbiers subaquatiques, qui prospèrent abondamment sous la surface de l'eau, sont à la base de la chaîne alimentaire, du zooplancton aux poissons. Ils utilisent pour leur croissance les minéraux dissous dans l'eau ou ceux présents dans les sédiments. Les herbiers jouent un rôle important pour les alevins : riches en plancton, ils les préservent aussi des prédateurs. De nombreux herbiers de characées denses tapissent le sol et sont appréciés des mollusques et petits crustacés, le brochet vient s'y reproduire. La présence des Hippuris vulgaris (photo) est un bon indicateur de la qualité de l'eau, ces plantes aquatiques supportant mal la pollution. Certaines plantes, comme les potamots perfoliés, s'enfoncent jusqu'à 5 m de profondeur et peuvent atteindre 2 m de haut.
